Resumen

La regulación de la expresión génica de los metazoos se produce en parte por el empalme del pre-ARNm en ARN maduros. Las señales que afectan a la eficacia y especificidad con que se eliminan los intrones aún no se han dilucidado por completo. Es probable que el splicing se produzca de forma cotranscripcional y que la estructura de la cromatina desempeñe un papel regulador clave. Hemos calculado las puntuaciones de probabilidad de ocupación de nucleosomas (NOL) codificadas en el ADN en los límites entre intrones y exones en cinco especies de metazoos. Descubrimos que (i) las puntuaciones NOL revelan una característica basada en la secuencia en los intrones a ambos lados del límite intrón-exón; (ii) esta característica no forma parte de ninguna secuencia consenso reconocible; (iii) esta característica se conserva en todos los metazoos; (iv) esta característica se enriquece en genes que comparten funciones similares: actividad ATPasa, unión ATP, actividad helicasa y actividad motora; (v) los genes con estas funciones presentan características genómicas diferentes; (vi) los datos de posicionamiento de nucleosomas in vivo confirman el enriquecimiento ontológico en esta característica; y (vii) los genes con esta característica presentan distribuciones dinucleotídicas únicas en el límite intrón-exón. Las puntuaciones NOL apuntan hacia una propiedad física del ADN que puede desempeñar un papel en el mecanismo de empalme del pre-ARNm. Estos resultados proporcionan una base para la identificación de un nuevo conjunto de elementos reguladores del ADN implicados en la regulación del splicing.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Proteómica Transcripción genética
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Proteomics Genetic transcription
• Palabras claves:característica, genes, intrones, puntuaciones NOL, límite de exón, empalme de ARNm, datos de posicionamiento de nucleosomas en vivo, diferentes características genómicas, función reguladora clave, expresión génica de metazoos.
• Keywords:feature, genes, introns, NOL scores, exon boundary, mRNA splicing, vivo nucleosome positioning data, different genomic characteristics, key regulatory role, metazoan gene expression