Actualmente, la mayoría de las enzimas industriales disponibles se usan en la industria de alimentos. Las medidas de seguridad en enzimas para alimentos difieren entre los países, incluyendo aspectos fundamentales, como por ejemplo sí se requiere una aprobación antes de llevar al mercado y los niveles de detalle, qué tipo de información en particular los proveedores deben proporcionar en el proceso de evaluación, entre otros.
Las preocupaciones en seguridad ocupacional se enfocan en las propiedades alergénicas, ya que se sabe que las enzimas pueden causar una potente sensibilidad en la inhalación y reacciones alérgicas, incluyendo el asma. Por otro lado, sustancias tóxicas que incluyen toxinas bacterianas y micotoxinas pueden estar presentes en enzimas aisladas y, por ende, constituir un riesgo para los consumidores.
Los procedimientos para la evaluación de seguridad parecen ser apropiados, en el sentido de que no se han reportado incidentes hasta ahora, dando como resultado propuestas para la reducción de las pruebas necesarias. Las precauciones en seguridad y las medidas de monitoreo establecidas en la industria han reducido, pero aún no erradicado, los riesgos ocupacionales. Los desafíos para los reguladores y la industria se incrementan a partir de aspectos no resueltos, como por ejemplo sí las enzimas pueden ser o no sensibles al contacto y de la ausencia de una armonía entre las evaluaciones de seguridad y legislación.
En la Unión Europea la mayoría de las enzimas alimenticias no hacen parte de las leyes en seguridad de alimentos, ni a nivel comunitario, ni nacional. En el auge de la disponibilidad de enzimas con nuevas e inusuales propiedades surgen las dudas en seguridad. En la Unión Europea parece haber una oportunidad de que estos desafíos sean abordados en el proceso de establecer una legislación para las enzimas en alimentos.
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