Resumen

Cada vez más estudios han demostrado que los ARN no codificantes largos (lncARN) desempeñan funciones críticas en diversos procesos biológicos y también están asociados a varios tipos de enfermedades. Cómo identificar rápidamente lncRNAs y ARN mensajeros es el paso fundamental para descubrir la función de la identificación de lncRNAs. Aquí, presentamos un nuevo método para la identificación rápida de lncRNAs utilizando características de composición intrínseca de secuencia e información de marco de lectura abierto basado en un modelo de máquina de vectores de soporte, denominado Lncident (LncRNAs identification). La validación cruzada de 10 veces y la curva ROC se utilizan para evaluar el rendimiento de Lncident. La principal ventaja de Lncident es su alta velocidad sin pérdida de precisión. En comparación con otras herramientas populares, Lncident supera a la calculadora de potencial de codificación, la herramienta de evaluación del potencial de codificación, el índice de codificación-no codificación y PLEK. Lncident también es mucho más rápido que Coding-Potential Calculator y Coding-Noncoding Index. Lncident presenta un rendimiento sobresaliente en microorganismos, lo que ofrece una gran perspectiva de aplicación al análisis de microorganismos. Además, Lncident puede ser entrenado por los propios datos recogidos por los usuarios. Además, el paquete R y el servidor web se desarrollan simultáneamente para maximizar la comodidad de los usuarios. El paquete R "Lncident" puede instalarse fácilmente en múltiples plataformas de sistemas operativos, siempre que R sea compatible.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:Lncident, codificación, lncRNAs, índice de no codificación, calculadora de potencial, paquete R, múltiples plataformas de sistemas operativos, información de marco de lectura abierto, modelo de máquina de vectores soporte, herramienta de evaluación de potencial.
• Keywords:Lncident, Coding, lncRNAs, Noncoding Index, Potential Calculator, R package, multiple operating system platforms, open reading frame information, support vector machine model, Potential Assessment Tool