El cacahuete (Arachis hypogaea L.) es una importante fuente de aceite y alimento en todo el mundo, y el color del tegumento afecta a su aspecto y valor comercial. Sin embargo, pocos estudios se han centrado en el mecanismo de formación del pigmento en el tegumento del cacahuete. En este estudio, los cultivares Shanhua 15 con testa rosa y Zhonghua 12 con testa roja se utilizaron como materiales para realizar el análisis combinado del transcriptoma y el metaboloma. Se detectó un total de 198 metabolitos flavonoides, entre los cuales petunidina 3-O-glucósido y cianidina O-acetilhexósido en Zhonghua12 fueron 15,23 y 14,72 veces superiores a los de Shanhua 15 en la fase R7, revelando las antocianinas subyacentes al tegumento rojo. El análisis del transcriptoma mostró que había 6059 y 3153 genes expresados diferencialmente entre Shanhua 15 y Zhonghua 12 en diferentes periodos de crecimiento, respectivamente. Estos genes expresados diferencialmente estaban significativamente enriquecidos en la biosíntesis de flavonoides, la biosíntesis de metabolitos secundarios y las vías metabólicas. El análisis integrado del transcriptoma y el metaboloma indicó que el gen CHS (arahy.CM90T6), los genes F3′H (arahy. 8F7PE4 y arahy. K8H9R8) y los genes DFR (arahy. LDV9QN y arahy. X8EVF3) pueden ser los genes funcionales clave que controlan la formación de testa rosa y roja en el cacahuete. Los factores de transcripción MYB (arahy.A2IWKV, arahy.US2SKM, arahy.SJGE27, arahy.H8DJRL y arahy.PR7AYB), bHLH (arahy.26781N, arahy.HM1IVV, y arahy.MP3D3D), y WD40 (arahy.L6JJW9) en la vía biosintética de la antocianina fueron significativamente regulados al alza en Zhonghua 12, que pueden ser los genes reguladores clave en la formación del pigmento del tegumento. Se trata de un análisis exhaustivo de los metabolitos flavonoides y la expresión de genes relacionados en el tegumento del cacahuete, que proporciona una referencia para revelar el mecanismo regulador de la acumulación de pigmentos en el tegumento del cacahuete.
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