Se propone un mecanismo para el primer paso de la ionización que tiene lugar en la ionización por desorción láser asistida por matriz, que conduce a moléculas de matriz (Ma) protonadas y desprotonadas (iones [Ma H] y [Ma-H]-). Se basa en la observación de que en estado sólido, para matrices MALDI que contienen carboxilo, las moléculas forman fuertes enlaces de hidrógeno y sus grupos carboxílicos pueden actuar como donantes y aceptores. Este comportamiento conduce a estructuras diméricas estables. La irradiación láser conduce a la ruptura de estos enlaces de hidrógeno, y los cálculos teóricos muestran que pueden formarse iones [Ma H] y [Ma-H]- a través de un proceso de absorción de dos fotones. Alternativamente, mediante la absorción de un solo fotón, una heterodisociación de uno de los enlaces O-H puede dar lugar a una estructura estable que contenga tanto sitios catiónicos como aniónicos. Esta estructura podría considerarse un intermediario que, mediante la absorción de otro fotón, conduce a la formación de iones matriz. Se han realizado algunos experimentos para evaluar el papel de la ionización térmica e indican que su efecto es insignificante. Se han observado algunas diferencias para distintas matrices en la formación de iones de molécula de analito (M) [M H] , [M-H]-, M -, y [M-2H]--, y se han explicado en términos de energías de ionización, valores de pKa y estabilidad termodinámica.
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