Resumen

El agrupamiento de genes expresados periódicamente a partir de sus datos de expresión en series temporales podría ayudar a comprender el mecanismo molecular de esos procesos biológicos. En este artículo, proponemos un método de agrupamiento basado en modelos no lineales para perfiles de genes expresados periódicamente. Dado que los genes expresados periódicamente están asociados con procesos biológicos periódicos, el método propuesto asume naturalmente que un conjunto de datos de genes expresados periódicamente es generado por una serie de procesos periódicos. Cada proceso periódico está modelado por una combinación lineal de funciones trigonométricas seno y coseno en el tiempo más un término de ruido gaussiano. Se propone un método de dos etapas para estimar los parámetros del modelo, y se emplea un algoritmo de reubicación-iteración para asignar cada gen a un clúster apropiado. Se emplea un método de remuestreo y un índice de Rand ajustado promedio (AARI) para medir la calidad del agrupamiento. Se utilizaron un conjunto de

• Materias:Trasplantes Ingeniería de tejidos Prevención de drogas Granulocitos Fertilización in vitro
• Subjects:Transplantation Tissue engineering Drug prevention Granulocytes In vitro fertilization
• Palabras claves:Agrupamiento; Genes expresados periódicamente; Mecanismo molecular; Procesos biológicos; Basado en modelos no lineales; Datos de expresión en series temporales
• Keywords:Clustering; Periodically expressed genes; Molecular mechanism; Biological processes; Nonlinear model-based; Time-course expression data