Resumen

Las pruebas simultáneas de asociación de múltiples variantes genéticas están ampliamente reconocidas como un valioso enfoque complementario a las pruebas de marcador único. Como tal, se ha encontrado que la regresión de componentes principales (PCR) tiene poder competitivo. Nos centramos en explorar una prueba robusta para un modo genético desconocido de todos los SNP, un equilibrio Hardy-Weinberg (HWE) desconocido en una población y un gran número de todos los SNP. En primer lugar, proponemos una nueva prueba global mediante el uso de códigos codominantes para todos los marcadores y PCR. La nueva prueba global se basa en un estadístico de puntuación de tipo Bayes empírico para probar asociaciones marginales con cada marcador individual. La nueva prueba global gana potencia explotando de forma robusta el equilibrio Hardy-Weinberg en la población de control y utilizando eficazmente el desequilibrio de ligamiento entre los marcadores de prueba. La nueva prueba global se reduce a la PCR cuando el genotipo de cada marcador se codifica como el número de alelos menores. Esta conexión permite comprender la potencia de la nueva prueba global en relación con la PCR y algunos otros métodos populares de prueba multimarcador. En segundo lugar, proponemos un método de prueba robusto basado en la nueva prueba global y la prueba PCR ordinaria construida sobre una estadística de puntuación prospectiva para probar asociaciones marginales con cada marcador individual cuando el genotipo de cada marcador se codifica como el número de alelos menores, tomando el valor p mínimo de estas dos pruebas. Por último, mediante amplios estudios de simulación y análisis de la asociación entre el cáncer de páncreas y algunos genes de interés, demostramos que el método de prueba robusto propuesto tiene una potencia deseable y a menudo puede identificar señales de asociación que pueden pasar desapercibidas por los métodos existentes.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genómica Inestabilidad genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Genomics Genomic instability Genetic polymorphism
• Palabras claves:nueva prueba global, método de prueba robusto, PCR, equilibrio de Weinberg, asociaciones marginales, alelos menores, marcador único, otros métodos populares de prueba multimarcador, amplios estudios de simulación, valor p mínimo
• Keywords:new global test, robust test method, PCR, Weinberg equilibrium, marginal associations, minor alleles, single marker, other popular multimarker test methods, extensive simulation studies, minimum p value