Los microARN (miARN), de unos 22 nucleótidos (nt) de longitud, son una clase de molécula de ARN endógeno y no codificante que desempeña un papel esencial en el desarrollo de las plantas, ya sea suprimiendo la transcripción de genes diana a nivel transcripcional o inhibiendo la traducción a nivel postranscripcional. Para comprender las funciones de los miRNAs y sus genes diana en la reproducción de la poliploidía del crisantemo, se realizaron tres bibliotecas de sRNA de embriones normales y anormales después de la hibridación por RNA-Seq. Como resultado, un total de 170 miRNAs fueron identificados y hay 41 miRNAs especiales en el cruce de la duplicación cromosómica paterna, como miR169b, miR440, y miR528-5p. miR164c y miR159a fueron altamente expresados en un embrión normal a los 18 días después de la polinización, lo que sugiere el papel regulador en la etapa tardía del desarrollo embrionario. Sólo se detectó miR172c en el embrión normal a los 18 días de la polinización, lo que significa que miR172c media principalmente la expresión génica en el desarrollo postembrionario y que estos genes pueden promover la maduración embrionaria. Otros miRNAs, incluyendo miR414, miR2661, y miR5021, pueden regular los genes que participan en las vías de respuesta a la auxina y el metabolismo energético; entonces regulan juntos el complejo desarrollo embrionario.
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