Resumen

Es un marco de modelado a gran escala que permite simular procesos biológicos que involucran diferentes colonias celulares que crecen e interactúan con un entorno variable. Fue diseñado para ejecutarse en sistemas de Computación de Alto Rendimiento (HPC) masivamente paralelos. La alta escalabilidad paralela de la implementación permite realizar simulaciones de hasta 10 células individuales (es decir, simulaciones a escalas espaciales de tejidos de hasta 1 cm de tamaño). Con los avances recientes del modelo, se ha vuelto crítico asegurar un nivel de rendimiento apropiado en las arquitecturas emergentes de HPC. Por ejemplo, la introducción de vasos sanguíneos que suministran nutrientes al tejido es un paso muy importante hacia simulaciones realistas de procesos biológicos complejos, pero aumentó considerablemente la complejidad computacional del modelo. En este artículo, describimos el proceso de modernización de la aplicación para lograr un alto rendimiento computacional en sistemas híbridos de HPC basados en la arquitectura moderna de Intel

• Materias:Calibración geométrica Núcleos computacionales Consultas de palabras clave Pronóstico probabilístico Máquina de aprendizaje
• Subjects:Geometric calibration Computational kernels Keyword queries Probabilistic forecasting Machine learning
• Palabras claves:Novela; Marco de modelado; Procesos biológicos; Computación de Alto Rendimiento; Escalabilidad; Simulaciones
• Keywords:Novel; Modelling framework; Biological processes; High Performance Computing; Scalability; Simulations