Resumen

Pin1 (peptidil prolil cis-trans isomerasa NIMA-interactuante 1) está directamente implicada en la regulación del ciclo celular del cáncer porque cataliza la cis-trans isomerización de los enlaces prolil amida en proteínas. En este sentido, se realizó una evaluación de modelado de la inhibición de Pin1 utilizando derivados de quinazolina, benzofenona y pirimidina mediante algoritmos de regresión multilineal, random forest, SMOreg e IBK en un conjunto de datos de 51 moléculas, que se dividió aleatoriamente en 78 o el conjunto de entrenamiento y 22 o el conjunto de prueba. Se utilizaron descriptores topológicos como variables independientes y la actividad biológica (pIC50) como variable dependiente. El modelo individual más robusto contenía 9 características, y su capacidad de predicción fue validada estadísticamente por el coeficiente de correlación para el ajuste, la validación cruzada de 10 veces, el conjunto de prueba y el bootstrapping con valores de 0,910, 0,819, 0,841 y 0,803, respectivamente. Con el fin de mejorar la predicción de los valores de pIC50, se realizó la agregación de los modelos individuales mediante la construcción de un conjunto, y el más robusto se construyó mediante dos modelos individuales (LR3 y RF1) aplicando el algoritmo IBK, y una mejora sustancial en el rendimiento predictivo se refleja en los valores de R2ADJ = 0,982, Q2CV = 0,962, y Q2EXT = 0,918. Los errores cuadráticos medios <0,165 y el buen ajuste entre los valores de pIC50 calculados y experimentales sugieren una robustez en la predicción de pIC50. En cuanto a la simulación de docking, se estimó una afinidad de unión entre las moléculas y el sitio activo para la inhibición de Pin1 en la proteína (3jyj) mediante el cálculo de la energía libre de unión (BE), con valores en el rango de -5,55 a -8,00 kcal/mol, lo que implica una interacción estabilizadora molécula receptor. Los diagramas de interacción ligando entre los fármacos y el aminoácido en el sitio de unión para los tres compuestos más activos denotaron una buena envoltura de estos compuestos orgánicos en la proteína principalmente por aminoácidos polares.

• Materias:Reacciones químicas Electroquímica Biología molecular Química analítica Química de los alimentos
• Subjects:Chemical reactions Electrochemistry Molecular biology Analytical chemistry Food chemistry
• Palabras claves:valores, modelos individuales, conjunto de pruebas, algoritmos de regresión ibk, errores cuadráticos medios, valores pic50 experimentales, validación cruzada de pliegues, interacción molécula receptor, diagramas de interacción ligando, aminoácidos polares
• Keywords:values, individual models, test set, ibk regression algorithms, mean square errors, experimental pic50 values, fold cross validation, interaction molecule receptor, ligand interaction diagrams, polar amino acids