Resumen

En la regulación epigenética de la expresión génica intervienen múltiples factores. La acción sinérgica o antagónica de estos factores ha sugerido la existencia de un código epigenético para la regulación génica. La secuenciación de alto rendimiento (HTS) ofrece la oportunidad de explorar este código y construir modelos cuantitativos de regulación génica basados en las diferencias epigenéticas entre condiciones celulares específicas. Describimos un nuevo marco computacional que facilita la integración sistemática de datos epigenéticos de HTS. Nuestro método relaciona las señales epigenéticas con la expresión mediante la comparación de dos condiciones. Demostramos su eficacia construyendo un modelo que predice con gran precisión diferencias significativas de expresión entre dos líneas celulares, utilizando datos epigenéticos del proyecto ENCODE. Nuestros análisis aportan pruebas de la existencia de un código epigenético degenerado, en el que intervienen múltiples regiones génicas. En particular, los cambios de señal en el 1er exón, 1er intrón, y aguas abajo del sitio de poliadenilación se encuentran fuertemente asociados con la regulación de la expresión. Nuestros análisis también muestran un código epigenético diferente para los genes sin intrón y los que contienen intrón. Nuestro trabajo proporciona una metodología general para realizar análisis integradores de las diferencias epigenéticas entre condiciones celulares que puede aplicarse a otros estudios, como la diferenciación celular o la carcinogénesis.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genes mitocondriales Genómica Proteómica Epigenómica
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Mitochondrial genes Genomics Proteomics Epigenomics
• Palabras claves:datos epigenéticos, diferencias epigenéticas, regulación génica, código epigenético degenerado, código epigenético diferente, múltiples regiones génicas, nuevo marco computacional, diferencias significativas de expresión, condiciones celulares específicas, HTS
• Keywords:epigenetic data, epigenetic differences, gene regulation, degenerate epigenetic code, different epigenetic code, multiple genic regions, new computational framework, significant expression differences, specific cellular conditions, HTS