Los eucariotas poseen diversos complejos de proteínas modificadoras de histonas. Generalmente, un complejo de proteínas modificadoras de histonas consta de múltiples subunidades, es decir, una subunidad catalítica y las subunidades asociadas. En este estudio, analicé 62 y 48 subunidades de los complejos de proteínas modificadoras de histonas de Saccharomyces cerevisiae y Schizosaccharomyces pombe, respectivamente. Se midieron los niveles de conservación evolutiva de las 110 subunidades. Las mediciones revelaron que los niveles de conservación de las subunidades catalíticas son significativamente superiores a los de las subunidades asociadas de los complejos histona acetiltransferasa y desacetilasa; sin embargo, el nivel de conservación de las subunidades catalíticas es similar al de las subunidades asociadas de los complejos histona metiltransferasa. Así, en los sistemas de acetilación y desacetilación de histonas fúngicas, las subunidades catalíticas de los complejos de proteínas modificadoras de histonas están conservadas y las subunidades asociadas son específicas de linaje evolutivo. En cambio, en el sistema de metilación de histonas fúngicas, tanto las subunidades catalíticas como las asociadas son específicas de linaje evolutivo.
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