Resumen

Los microARN (miARN) son pequeñas moléculas reguladoras de ARN no codificante que se transcriben como miARN primarios (pri-miARN) a partir de genomas eucariotas. Al menos en las plantas, su actividad reguladora está mediada por el emparejamiento de bases con ARN mensajeros (ARNm) codificadores de proteínas, seguido de la degradación del ARNm o la represión de la traducción. Describimos novoMIR, un programa para la identificación de genes miARN en genomas de plantas. Utiliza una serie de pasos de filtrado y un modelo estadístico para discriminar un pre-miARN de otros ARN y no depende ni del conocimiento previo de una diana de miARN ni de la genómica comparativa. La sensibilidad y especificidad de novoMIR para la detección de premiARNs de Arabidopsis thaliana es de ~0,83 y ~0,99, respectivamente. Los pre-miARNs de plantas son más heterogéneos en cuanto a tamaño y estructura que los pre-miARNs de animales. A pesar de estas dificultades, novoMIR es muy adecuado para realizar búsquedas de pre-miARNs a escala genómica. novoMIR está escrito en Perl y se basa en dos programas gratuitos adicionales para la predicción de la estructura secundaria del ARN (RNALfold, RNAshapes).

• Materias:Pliegue de Proteína Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) Ácidos nucleicos Reparación del ADN Daño del ADN
• Subjects:Protein Folding Polymerase chain reaction Nucleic acids DNA Repair DNA Damage
• Palabras claves:mirna, mirnas, pre, arabidopsis thaliana, planta pre, moléculas de rna, animal pre, genómica comparativa, genomas eucariotas, pasos de filtrado
• Keywords:mirna, mirnas, pre, arabidopsis thaliana, plant pre, rna molecules, animal pre, comparative genomics, eukaryotic genomes, filter steps