Resumen

Se han investigado mediante análisis multivariante los codones sinónimos alternativos en Corynebacterium glutamicum, una conocida bacteria utilizada en la industria para la producción de aminoácidos. Como C. glutamicum es un organismo rico en GC, se espera que la G y la C predominen en la tercera posición de los codones. De hecho, los análisis generales de uso de codones han indicado que los codones de terminación C y/o G son predominantes en este organismo. Mediante análisis estadísticos multivariantes, aparte de la selección mutacional, identificamos otras tres tendencias de variación del uso de codones entre los genes. En primer lugar, la mayoría de los genes de alta expresión están dispersos hacia el extremo positivo del primer eje, mientras que la mayoría de los genes de baja expresión están agrupados hacia el otro extremo del primer eje. Además, la clara diferencia entre los dos grupos de genes es que los codones con terminación en C predominan en los genes putativamente muy expresados, lo que sugiere que los codones con terminación en C son óptimos desde el punto de vista de la traducción en este organismo. En segundo lugar, la mayoría de los genes supuestamente muy expresados tienden a localizarse en la cadena principal, lo que indica que podría haber selección replicacional y transcipcional. En tercer lugar, los genes de alta expresión están más conservados que los de baja expresión por sustituciones sinónimas y no sinónimas entre genes ortólogos de los genomas de C. glutamicum y C. diphtheriae. También analizamos otros factores, como la longitud de los genes y la hidrofobicidad, que podrían influir en el uso de codones, y descubrimos que su contribución era escasa.

• Materias:Genoma Biología celular Citogenética Genómica Polimorfismo genético
• Subjects:genome Cell biology Cytogenetics Genomics Genetic polymorphism
• Palabras claves:genes, codones, mayoría, C. glutamicum, primer eje, análisis global del uso de codones, codones sinónimos alternativos, variación del uso de codones, organismo, C. diphtheriae
• Keywords:genes, codons, majority, C. glutamicum, first axis, overall codon usage analyses, alternative synonymous codons, codon usage variation, organism, C. diphtheriae