Resumen

Se propuso una metodología computacional rápida y rentable para diseñar y racionalizar la selección de pequeños péptidos como receptores de compuestos similares a las dioxinas. Se utilizó la columna vertebral del sitio de unión del receptor Ah de dioxinas para diseñar una serie de bibliotecas de pentapéptidos y hexapéptidos, con 1.400 elementos en total. Se tuvo en cuenta la flexibilidad del péptido y se consideró que 10 conformadores eran una buena opción para representar el espacio conformacional del péptido con una buena relación velocidad-precisión. Cada conformador peptídico se trató como un posible receptor, generando una caja dedicada y ejecutando a continuación un proceso de acoplamiento utilizando como ligandos una familia de 76 dibenzo-p-dioxinas y 113 dibenzofuranos mono- y policlorados. Las predicciones significativas se confirmaron comparando la estructura primaria de los péptidos mejor y peor clasificados en la unión a dioxinas, lo que confirmó que las posiciones mezcladas de los mismos aminoácidos daban lugar a predicciones de unión completamente diferentes. El hexapéptido EWFQPW, con la mejor puntuación de unión, fue elegido como material sorbente selectivo en la extracción en fase sólida. Para verificar la especificidad del hexapéptido, se comprobó su capacidad de retención con 2,3,7,8-tetraclorodibenzo-p-dioxina y dos bifenilos policlorados. Se optimizó el procedimiento experimental de extracción en fase sólida y se compararon los parámetros analíticos del material sorbente de hexapéptido con la resina sin hexapéptido y un cartucho comercial de fase inversa.

• Materias:Reacciones químicas Biología molecular Química farmacéutica Química analítica Química de los alimentos
• Subjects:Chemical reactions Molecular biology Chemistry pharmaceutical Analytical chemistry Food chemistry
• Palabras claves:dioxina, extracción en fase, cartucho comercial de fase inversa, mejor puntuación de unión, metodología computacional eficaz, material sorbente hexapéptido, mismos aminoácidos, material sorbente selectivo, dioxinas, flexibilidad peptídica
• Keywords:dioxin, phase extraction, commercial reversed phase cartridge, best binding score, effective computational methodology, hexapeptide sorbent material, same amino acids, selective sorbent material, dioxins, peptide flexibility