Se exploró el polimorfismo conformacional de cadena única por electroforesis capilar (CE-SSCP) como método rápido y barato para diferenciar algas procariotas (verde-azuladas) y eucariotas (verdes y pardas). Se examinó una selección de dos algas verdeazuladas (Nostoc muscorum y Anabaena inaequalis), cinco algas verdes (Chlorella vulgaris, Oedogonium foveolatum, Mougeotia sp., Scenedesmus quadricauda y Ulothrix fimbriata) y una alga parda (Ectocarpus sp.) y se compararon entre sí las "huellas" del electroferograma CE-SSCP para dos regiones variables del gen 16S o 18S ADNr. Los patrones de electroferograma eran notablemente estables y consistentes para cada especie en particular. Los patrones eran únicos para cada especie, aunque se observaron algunas características comunes entre los distintos tipos de algas. El CE-SSCP podría ser un método útil para supervisar los cambios en una especie de alga a lo largo del tiempo, a medida que se produjeran posibles cambios en las especies.
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