Los agregados H del colorante de cianina Cy5 se forman durante la unión covalente a la macromolécula catiónica Poli(alilamina) (PAH). Los agregados H no fluorescentes restringen en gran medida el uso del colorante con fines analíticos e impiden la determinación cuantitativa de las macromoléculas marcadas. El comportamiento de los H-agregados se ha estudiado investigando los espectros de absorción y fluorescencia del polímero colorante en función del disolvente, el grado de etiquetado y los grupos sulfonato adicionales. La formación de agregados H se debe a una distribución no homogénea de las moléculas Cy5 en la cadena polimérica. Los agregados H pueden ser destruidos por cambios conformacionales del PAH inducidos por interacciones con polianiones o en disolventes orgánicos. Se ha descubierto que el proceso de etiquetado del polímero en un alto contenido de disolventes orgánicos puede evitar la formación de agregados H. Los resultados ofrecen una mejor comprensión y mejora del uso del colorante Cy5 con fines de etiquetado en la detección por fluorescencia de macromoléculas.
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