Aunque hay una abrumadora evidencia circunstancial que respalda la existencia del ancestro común universal de toda la vida actual en la Tierra, sigue siendo una pregunta abierta si el ancestro común universal existió o no. Theobald (Nature 465, 219222 (2010)) desafió recientemente este problema con una prueba estadística formal aplicada a secuencias alineadas de proteínas conservativas muestreadas de todos los dominios de la vida y concluyó que la hipótesis del ancestro común universal es válida. Sin embargo, señalamos que hay un defecto fundamental en el método de Theobald que utilizó secuencias alineadas. Mostramos que el alineamiento da un fuerte sesgo a favor de la hipótesis del ancestro común, y proporcionamos un ejemplo de que el método de Theobald respalda una hipótesis de ancestro común para dos familias aparentemente no relacionadas de secuencias que codifican proteínas (y de las mitocondrias). Esto suscita sospechas sobre la efectividad
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