El reciente descubrimiento de la modificación de proteínas por SAMPs, proteínas similares a la ubiquitina (Ubl) de la arquea Haloferax volcanii, impulsó un exhaustivo análisis genómico comparativo de los genes de las proteínas Ubl de las arqueas y de los genes de las enzimas que se cree que están asociadas funcionalmente a las proteínas Ubl. Este análisis demostró que la mayoría de las arqueas codifican miembros de dos grupos principales de proteínas Ubl con el pliegue β-agarre, las familias ThiS y MoaD, e indicó que los genes de la familia ThiS rara vez están vinculados a los genes de las enzimas del metabolismo de la tiamina o del cofactor Mo/W, sino que, en cambio, se asocian con mayor frecuencia a los genes de las enzimas de modificación del ARNt. Por lo tanto, se plantea la hipótesis de que la función ancestral de las proteínas Ubl arqueas es la inserción de azufre en los nucleótidos modificados de los ARNt, una actividad análoga a la de la proteína URM1 en los eucariotas. Junto con otras asociaciones genómicas previamente descritas, estos hallazgos indican que los sistemas de control de calidad de las proteínas que operan a diferentes niveles, incluyendo la modificación de los ARNt que controla la fidelidad de la traducción, la ubiquitinación de las proteínas que regula la degradación de las mismas y, posiblemente, la degradación del ARNm por el exosoma, están funcional y evolutivamente vinculados.
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