Los biocombustibles de segunda generación (B2G) usan generalmente residuos compuestos de materiales lignocelulósicos para producir energía renovable (potencialmente hasta el 50%), sin aumentar las áreas plantadas. Sin embargo, el alto costo de las enzimas necesarias para el desmontaje de la pared celular antes de la sacarificación hace que la producción de B2G sea más cara aún, en comparación con los biocombustibles de primera generación. Diseñar plantas con menos lignina, una barrera para la producción B2G, o facilitar el desmontaje de la pared celular mediante la búsqueda de los mecanismos de la planta puede ser la forma de obtener la viabilidad B2G. Con ello, la proteómica de la pared celular de la planta proporciona información valiosa sobre las principales proteínas de la pared celular (CWPs) involucradas en su biosíntesis y reordenamientos. Esencialmente, se han estudiado dos plantas de la familia de la hierba: la caña de azúcar como cultivo susceptible de producción de etanol de segunda generación (E2G); Y Brachypodium distachyon como una planta modelo susceptible de transformación genética. La proteómica de la pared celular ha permitido la identificación de numerosos CWP así como su perfilado fino en diferentes órganos y en diversas etapas de desarrollo. Se pueden destacar las proteínas que actúan sobre los carbohidratos, principalmente las glicosil hidrolasas, y las oxidorreductasas, incluyendo las peroxidasas y las lacasas de clase III. Se supone que ambos tipos de CWP contribuyen a la remodelación de los polisacáridos de la pared celular mediante mecanismos enzimáticos o no enzimáticos. Los CWP presentes en órganos en crecimiento también podrían ser candidatos atractivos, ya que contribuyen en gran medida a la plasticidad de la pared celular.
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