Las pruebas de permutación suelen presentarse de una manera bastante informal, tanto en libros de estadística introductoria como avanzada. El atractivo de la astucia del procedimiento parece reemplazar la necesidad de un argumento riguroso que demuestre que produce pruebas de hipótesis válidas. La consecuencia de esta falla educativa ha sido una creencia generalizada en un principio de permutación, que se supone que siempre proporciona pruebas válidas por construcción, bajo un mínimo absoluto de suposiciones estadísticas. Se presentan aquí varias líneas de argumentación para demostrar que el principio de permutación en sí mismo puede ser inválido, centrándose en la prueba de permutación de Fisher-Pitman para dos medias. Se ilustra un ejemplo contrafáctico simple para mostrar el problema general, y se utiliza un argumento contrafáctico ligeramente más elaborado para explicar por qué la principal prueba matemática de la validez de las pruebas de permutación es errónea. Se sugieren dos modificaciones de la prueba de permutación que se consideran válidas en
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