Holothuria atra es uno de los cohombros de mar tropicales de arrecife coralino más comunes y con mayor área de distribución del mundo, y aquí examinamos la estructura genética de la población basada en la COI mitocondrial para ayudar a determinar la escala apropiada para la gestión de los arrecifes coralinos. Basándonos en los análisis SAMOVA, AMOVA y BARRIER, mostramos que a pesar de su gran área de distribución, H. atra tiene una estructura poblacional jerárquica y de escala fina, impulsada principalmente por las barreras entre archipiélagos, pero también con diferencias significativas entre sitios dentro de un mismo archipiélago. Los análisis de migración junto con las redes de haplotipos y los patrones de diversidad de haplotipos sugieren que Hawai y el arrecife de Kingman son centros importantes de la diversidad genética de la región y no un callejón sin salida evolutivo para los migrantes del Indopacífico. Por último, demostramos que para H. atra el arrecife Kingman es el punto de paso más probable entre Hawai y el resto del Pacífico, y no Japón o el atolón Johnston, como se suponía anteriormente. Basándonos en nuestros datos, el atolón Johnston puede considerarse más bien un puesto avanzado de las islas del noroeste de Hawai que una puerta de entrada al archipiélago hawaiano.
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