La gran diversidad de microorganismos explica por qué se les emplea en muchos procesos microbianos industriales preparaciones de alimentos fermentados, producción de células y metabolitos microbianos, procesamiento de residuos. Se llevan a cabo fundamentalmente en la misma forma mediante tres etapas: pretratamiento de la materia prima, conversión microbiana y recuperación de producto. La eficiencia de los procesos se basa en el control de las condiciones ambientales y la concentración del sustrato límite que influencia el metabolismo microbiano.
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