El género Centrodinium contiene especies oceánicas y predominantemente tropicales que han recibido poca atención. Se examinaron tres especies de Centrodinium mediante disociación de la placa calcárea, microscopía electrónica de barrido y secuencias moleculares. El cuerno apical de Centrodinium intermedium y C. eminens está formado por la elongación de la cuarta placa apical, y una segunda división apical en dos placas. En C. punctatum dos placas apicales (2′ y 4′) rodean casi por completo la placa porosa apical (Po), mientras que el contacto con la placa 1′ en la cara ventral es muy reducido, y la placa 3′ no llega a la Po. Además, su placa sulcal lateral posterior izquierda es más larga que su par derecha, mientras que en el típico Centrodinium spp. la placa sulcal posterior de C. punctatum está situada en la cara ventral izquierda por debajo de las placas 1′′′ y 2′′′, mientras que la placa sulcal posterior situada en la cara derecha por debajo de las placas 4′′′ y 5′′′ en los Centrodinium spp típicos. Los análisis filogenéticos basados en la subunidad pequeña y grande del gen ARNr mostraron que Centrodinium spp. y Alexandrium affine/A. gaarderae se agrupaban como un clado hermano de los grupos Alexandrium tamarense/catenella/fraterculus. El clado del subgénero Gessnerium y el clado de la especie tipo de Alexandrium, A. minutum, con cuatro especies divergentes, se agruparon en posiciones más basales. La polifilia de Alexandrium se resuelve con la división en cuatro géneros: (1) Alexandrium sensu stricto para las especies del clado de A. minutum y cuatro especies divergentes; (2) el restablecimiento del género Gessnerium para las especies del clado de A. monilatum; (3) la reinstauración del género Protogonyaulax para las especies de los grupos tamarense/catenella/fraterculus, y (4) el nuevo género Episemicolon gen. nov. para A. affine y A. gaarderae. Se proponen nuevas combinaciones en los géneros Gessnerium, Protogonyaulax y Episemicolon.
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