Resumen

La disponibilidad de una secuenciación del genoma completo rápida, de alto rendimiento y bajo coste es muy prometedora en el ámbito de la microbiología de la salud pública, con aplicaciones que van desde la detección de brotes y el seguimiento de los casos de transmisión hasta la comprensión del papel que desempeñan las comunidades microbianas en la salud y la enfermedad. Dentro de la metagenómica clínica, la identificación de microorganismos a partir de un fondo complejo y enriquecido en hospedadores sigue siendo un reto computacional central. Como prueba de principio, secuenciamos dos muestras metagenómicas, una mezcla viral conocida de 25 patógenos humanos y un modelo biológico complejo desconocido utilizando tecnología de sobremesa. A continuación, se analizaron los conjuntos de datos mediante una canalización bioinformática desarrollada en torno a métodos recientes de clasificación rápida. Un método selectivo permitió detectar 20 de los virus en un contexto de contaminación del huésped procedente de múltiples fuentes y de contaminación bacteriana. Un método alternativo de identificación no dirigida mostró una alta correlación con estas clasificaciones, y se identificaron más de 1.600 especies cuando se aplicó al complejo modelo biológico, incluidas varias especies capturadas con una cobertura del genoma superior al 50%. En resumen, este estudio demuestra el gran potencial de la aplicación de la metagenómica en el entorno del laboratorio clínico y que esto puede lograrse utilizando la infraestructura disponible para los centros de secuenciación no dedicados.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Proteómica Transcripción genética
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Proteomics Genetic transcription
• Palabras claves:métodos recientes de clasificación rápida, modelo biológico complejo desconocido, reto computacional central, entorno de laboratorio clínico, modelo biológico complejo, microbiología de salud pública, secuenciación del genoma completo, fondo, contaminación bacteriana, tecnología de sobremesa
• Keywords:recent fast classification methods, unknown complex biological model, central computational challenge, clinical laboratory setting, complex biological model, public health microbiology, whole genome sequencing, background, bacterial contamination, benchtop technology