Resumen

El diseño de ribonucleasas artificiales selectivas de sitio (aRNasas) es una de las tareas más difíciles en la orientación del ARN. En este trabajo diseñamos y estudiamos aRNasas basadas en oligonucleótidos que contienen múltiples residuos de imidazol en la parte catalítica y variamos sistemáticamente la estructura de las construcciones de corte. Demostramos que la actividad ribonucleasa de los conjugados se ve fuertemente afectada por el número de residuos de imidazol en la parte catalítica, la longitud de un enlazador entre los grupos imidazol catalíticos del constructo y el oligonucleótido, y el tipo de grupo de anclaje, que conecta la estructura del enlazador y el oligonucleótido. El modelado molecular de las ARNasas más activas demostró que la orientación u orientaciones preferibles de los constructos de escisión dependen en gran medida de la estructura del grupo de anclaje y de la longitud del enlazador. La inclusión de un grupo de anclaje de desoxirributilidina redujo significativamente la probabilidad de que los grupos de corte se situaran cerca del sitio de corte, presumiblemente debido a una interacción de apilamiento con el residuo de nucleótido vecino. En conjunto, los resultados obtenidos demuestran que los factores dinámicos desempeñan un papel importante en la escisión específica del ARN. Los conjugados con la construcción de corte más flexible y extendida mostraron una actividad de corte notablemente alta, lo que presumiblemente proporciona una mejor oportunidad para que los residuos de imidazol se sitúen correctamente en las proximidades del enlace fosfodiéster.

• Materias:Ingeniería genética Ácido desoxirribonucleico (ADN) Ácido ribonucleico (ARN) Pliegue de Proteína Genómica
• Subjects:Genetic engineering Deoxyribonucleic acid (DNA) Ribonucleic acid (RNA) Protein Folding Genomics
• Palabras claves:oligonucleótido, grupo de anclaje, parte catalítica, residuos de imidazol, grupos catalíticos de imidazol, grupo de anclaje de la desoxirributilidina, construcción de escisión ampliada, alta actividad de escisión, múltiples residuos de imidazol, enlace fosfodiéster escindible
• Keywords:oligonucleotide, anchor group, catalytic part, imidazole residues, catalytic imidazole groups, deoxyribothymidine anchor group, extended cleaving construct, high cleavage activity, multiple imidazole residues, scissile phosphodiester bond