El sistema de salud ambiental existente en Croacia se basa en los principios de salud pública de Andrija Štampar y en los cambios y mejoras adicionales ocurridos como parte del proceso de adhesión a la UE. Sin embargo, en un análisis en profundidad de la situación de salud ambiental en Croacia, es importante evaluar no solo las políticas esenciales y la legislación de la UE transpuesta, sino también todos los demás instrumentos de gestión importantes para el funcionamiento adecuado del sistema. Debido a la falta de una colaboración horizontal adecuada entre diferentes ministerios, existen leyes y reglamentos "verticales" que generan duplicaciones y superposiciones de responsabilidades, así como una falta de capacidades apropiadas para la aplicación y ejecución de la ley. La red existente de los Institutos de Salud Pública de Condado, encabezada por el Instituto Nacional de Salud Pública de Croacia, así como otras instituciones y organizaciones específicamente involucradas en temas ambientales y de salud, deberían adoptar un enfoque intersectorial e interdisciplinario que involucre a otros sectores de la sociedad, como una de las principales condiciones para la implementación exitosa del Plan Nacional de Acción para la Salud Ambiental. Una de las prioridades es establecer un sistema de información sobre salud ambiental, así como crear una asociación profesional de salud ambiental independiente, para construir un sistema de salud ambiental intersectorial sostenible. Existen muchos otros programas de apoyo que pueden ayudar a Croacia a lograr esta tarea, como el programa de pre-accesión de la UE y varios programas bilaterales de diferentes Estados miembros de la UE.
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