Resumen

Los proyectos de genómica a gran escala están identificando biomarcadores para detectar enfermedades humanas. B. pseudomallei y B. mallei son dos agentes selectos estrechamente relacionados que causan melioidosis y muermo. La caracterización precisa de las muestras metagenómicas depende de mediciones exactas de la variación genética entre los aislados con resolución hasta el nivel de cepa. A menudo, la sensibilidad de un único biomarcador se ve aumentada por el uso de múltiples biomarcadores o paneles de biomarcadores. Paralelamente a la validación de un único biomarcador, los avances en la secuenciación del ADN permiten el análisis de genomas enteros en una sola ejecución: secuenciación de poblaciones. Potencialmente, la secuenciación directa podría utilizarse para analizar un genoma completo que sirviera como biomarcador para la identificación del genoma. Sin embargo, la variación del genoma y la diversidad de la población complican el uso de la secuenciación directa, así como las diferencias causadas por los protocolos de preparación de muestras, incluidos los artefactos y errores de secuenciación. Como parte de un programa forense bacteriológico del Departamento de Seguridad Nacional, hemos examinado la forma de aplicar el análisis de secuenciación del genoma completo (WGS) como método forense defendible judicialmente para atribuir la relación entre muestras microbianas, y también para determinar los puntos fuertes y las limitaciones del análisis de secuencias del genoma completo en un contexto forense. En este documento, demostramos el uso de la secuenciación para proporcionar una caracterización genética de las poblaciones: secuenciación directa de poblaciones.

• Materias:Genética Molecular Ácido ribonucleico (ARN) Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) Daño del ADN Mutación genética
• Subjects:Molecular Genetic Ribonucleic acid (RNA) Polymerase chain reaction DNA Damage Genetic mutation
• Palabras claves:secuenciación directa, uso, análisis de la secuencia del genoma completo, programa de seguridad nacional, método forense defendible, relación de muestras microbianas, agentes selectos relacionados, protocolos de preparación de muestras, proyectos de genómica a escala, sensibilidad de un solo biomarcador.
• Keywords:direct sequencing, use, whole genome sequence analysis, homeland security program, defensible forensic method, microbial sample relatedness, related select agents, sample preparation protocols, scale genomics projects, single biomarker sensitivity