Resumen

Pseudomonas aeruginosa PGPR2 es una cepa de la rizosfera del frijol mungo que produce metabolitos secundarios y enzimas hidrolíticas que contribuyen a una excelente actividad antifúngica contra Macrophomina phaseolina, uno de los hongos patógenos prevalentes del frijol mungo. La secuenciación del genoma se realizó utilizando la Ion Torrent Personal Genome Machine generando 1.354.732 reads (6.772.433 bases secuenciadas) logrando una cobertura de ~25 veces el genoma. El ensamblaje del genoma de referencia con MIRA 3.4.0 produjo 198 contigs. El borrador del genoma de PGPR2 codificaba 6803 marcos de lectura abiertos, de los cuales 5314 eran genes con funciones predichas, 1489 eran genes de funciones conocidas y 80 eran genes codificadores de ARN. Mediante el análisis del pangenoma se identificaron genes específicos de la cepa y genes centrales de P. aeruginosa PGPR2 que son relevantes para el hábitat rizosférico. Se identificaron genes implicados en la función promotora del crecimiento vegetal, como la síntesis de ACC desaminasa, ácido indol-3-acético, trehalosa, sideróforos captadores de minerales, cianuro de hidrógeno, quitinasas, acil homoserina lactonas, acetoína, 2,3-butanediol y fitasas. Además, se identificaron genes específicos del nicho, como la 3-fitasa solubilizadora de fosfato, adhesinas, reguladores transcripcionales específicos de la vía, una diguanilato ciclasa implicada en la síntesis de celulosa, un receptor de ferrienteroquelina, una helicasa DEAD/DEAH-box implicada en la tolerancia al estrés, determinantes de la quimiotaxis/motilidad, una proteasa HtpX y enzimas implicadas en la producción de un derivado de la cromanona con una potente actividad antifúngica.

• Materias:Genes Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Genes Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Genetic polymorphism
• Palabras claves:genes, Ion Torrent Personal Genome Machine, cepa de la rizosfera del frijol mungo, P. aeruginosa PGPR2, Pseudomonas aeruginosa PGPR2, ensamblaje del genoma de referencia, lactonas de acil homoserina, excelente actividad antifúngica, marcos de lectura abierta, potente actividad antifúngica
• Keywords:genes, Ion Torrent Personal Genome Machine, mung bean rhizosphere strain, P. aeruginosa PGPR2, Pseudomonas aeruginosa PGPR2, Reference genome assembly, acyl homoserine lactones, excellent antifungal activity, open reading frames, potent antifungal activity