Resumen

El uso de tecnologías de nueva generación de alto rendimiento ha permitido realizar análisis más exhaustivos que la secuenciación Sanger tradicional. El objetivo específico de este estudio era investigar la diversidad microbiana de las infecciones endodónticas primarias utilizando la plataforma de secuenciación Illumina MiSeq en pacientes egipcios. Se recogieron muestras de 19 pacientes en el Hospital Universitario del Canal de Suez (Departamento de Endodoncia) utilizando limas estériles del nº 15K y puntas de papel. El ADN se extrajo utilizando el kit de extracción de ADN del suelo Mo Bio power, seguido de amplificación por PCR y electroforesis en gel de agarosa. El microbioma se caracterizó sobre la base de la región hipervariable V3 y V4 del gen 16S rRNA mediante secuenciación de extremo pareado en el dispositivo Illumina MiSeq. Se utilizó el software MOTHUR para el filtrado de secuencias y el análisis de los datos secuenciados. Se asignaron un total de 1858 unidades taxonómicas operativas con una similitud del 97% a 26 filos, 245 familias y 705 géneros. En todas las muestras predominaban cuatro filos principales: Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria y Synergistetes. A nivel de género, Prevotella, Bacillus, Porphyromonas, Streptococcus y Bacteroides fueron los más abundantes. La secuenciación de la plataforma Illumina MiSeq puede utilizarse para investigar la composición del microbioma oral de las infecciones endodónticas. Elucidar la ecología de las infecciones endodónticas es un paso necesario para desarrollar antimicrobianos intracanales eficaces.

• Materias:Microbiología Bacteriología Propiedades farmacológicas Micología Virología
• Subjects:Microbiology Bacteriology Pharmacological Properties Mycology Virology
• Palabras claves:infecciones endodónticas, plataforma de secuenciación Illumina MiSeq, kit de extracción de ADN del suelo Mo Bio power, Hospital Universitario del Canal de Suez, gen 16S rRNA, dispositivo Illumina MiSeq, electroforesis en gel de agarosa, antimicrobianos intracanales eficaces, principales filos Firmicutes, tecnologías de nueva generación
• Keywords:endodontic infections, Illumina MiSeq platform sequencing, Mo Bio power soil DNA isolation extraction kit, Suez Canal University Hospital, 16S rRNA gene, Illumina MiSeq device, agarose gel electrophoresis, effective intracanal antimicrobials, main phyla Firmicutes, next generation technologies