Resumen

La secuenciación de genomas bacterianos ha requerido tradicionalmente grandes cantidades de ADN genómico (~1 μ g). Se han realizado pocos estudios para determinar los efectos de la cantidad de ADN de entrada o del método de preparación de bibliotecas en la calidad de los datos de secuenciación. Varios métodos nuevos de preparación de bibliotecas disponibles en el mercado permiten la secuenciación shotgun a partir de tan solo 1 ng de ADN de entrada. En este estudio, hemos evaluado los reactivos de preparación de bibliotecas NEBNext Ultra para la secuenciación de genomas bacterianos. Hemos evaluado la utilidad de NEBNext Ultra para la resecuenciación y el ensamblaje de novo de cuatro genomas bacterianos y hemos comparado su rendimiento con el kit de preparación de bibliotecas TruSeq. Los reactivos NEBNext Ultra permiten la resecuenciación de alta calidad y el ensamblaje de novo de una variedad de genomas bacterianos cuando se utilizan 100 ng de ADN genómico de entrada. Para los dos genomas más difíciles (Burkholderia spp.), que tienen el mayor contenido de GC y son los más largos, también mostramos que la calidad tanto de la resecuenciación como del ensamblaje de novo no disminuye cuando se utilizan sólo 10 ng de ADN genómico de entrada.

• Materias:Genes Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Genes Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Genetic polymorphism
• Palabras claves:genomas bacterianos, ADN genómico, ensamblaje de novo, kit de preparación de bibliotecas TruSeq, reactivos de preparación de bibliotecas Ultra, métodos de preparación de bibliotecas disponibles, ensamblaje de novo, resecuenciación de alta calidad, mayor contenido de GC, cantidad de ADN de entrada
• Keywords:bacterial genomes, genomic DNA, novo assembly, TruSeq library preparation kit, Ultra library preparation reagents, available library preparation methods, de novo assembly, high quality resequencing, highest GC content, input DNA amount