La toxina B es uno de los principales factores de virulencia de Clostridium difficile, una bacteria responsable de un número significativo de casos de diarrea en los centros de cuidados intensivos. Debido a la prevalencia de la diarrea inducida por C. difficile, el diagnóstico rápido y correcto es crucial en el tratamiento de la enfermedad. En este estudio, hemos empleado un estricto método de selección in vitro para identificar elementos de reconocimiento molecular (MRE) de ADN monocatenario específicos para la toxina B. Al final de la selección de 12 rondas, se identificó un MRE con alta afinidad ( K d = 47,3 nM) por la toxina B. El MRE seleccionado demostró una baja unión cruzada con la toxina B. La MRE seleccionada demostró una baja actividad de unión cruzada con las dianas negativas: albúmina sérica bovina, toxina alfa de Staphylococcus aureus, exotoxina A de Pseudomonas aeruginosa y toxina del cólera de Vibrio cholera. Se desarrolló un ensayo ELISA tipo sandwich modificado utilizando el ssDNA MRE seleccionado como elemento captador de antígeno y se logró una detección sensible de 50 nM de toxina B en preparaciones fecales humanas.
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