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Simulating Molecular Interactions of Carbon Nanoparticles with a Double-Stranded DNA FragmentSimulación de las interacciones moleculares de nanopartículas de carbono con un fragmento de ADN de doble cadena

Resumen

Se investigaron las interacciones moleculares entre nanopartículas de carbono (CNP) y un fragmento de ácido desoxirribonucleico de doble cadena (dsADN) mediante simulaciones de dinámica molecular (DM). Se estudiaron seis tipos de CNP: fullerenos (C60 y C70), nanotubos de carbono de pared simple (SWNT) (8,0), nanotubos de carbono de pared doble (DWNT) (8,0), puntos cuánticos de grafeno (GQD) y puntos cuánticos de óxido de grafeno (GOQD). El análisis de la mejor geometría indica que el fragmento de dsADN puede unirse a los CNP mediante el apilamiento pi y la forma T. Además, C60, DWNT y GOQD se unen a las moléculas de dsADN en el surco menor del nucleótido, y C70, SWNT y GQD se unen a las moléculas de dsADN en los extremos hidrofóbicos. La energía de interacción estimada implica que la fuerza de van der Waals puede contribuir principalmente a los mecanismos de las interacciones dsADN-C60, dsADN-C70 y dsADN-SWNT, y que la fuerza electrostática puede contribuir considerablemente a las interacciones dsADN-DWNT, dsADN-GQD y dsADN-GOQD. Sobre la base de los resultados de las simulaciones MD a gran escala, se encontró que la presencia del dsADN aumenta la dispersión de C60, C70 y SWNT en agua y tiene un ligero impacto en DWNT, GQD y GOQD.

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