Resumen

La ribonucleasa barnasa (RNasa Ba) de Bacillus amyloliquefaciens es una pequeña ribonucleasa extracelular de 12 kD (kilodalton). Tiene amplias perspectivas de aplicación en la agricultura, la medicina clínica, la industria farmacéutica, etc. En este trabajo se ha estudiado la estabilidad térmica de la barnasa Ba mediante simulación de dinámica molecular a diferentes temperaturas. El presente estudio se centra en la contribución de la interacción intramolecular no covalente a la estabilidad de la proteína y en cómo afectan a la estabilidad térmica de la enzima. Los perfiles de la desviación cuadrática media y la fluctuación cuadrática media identifican regiones termoestables y termosensibles de Barnase. Los análisis de las trayectorias en términos de contenido de estructura secundaria, enlaces de hidrógeno intramoleculares e interacciones de puentes salinos indican claras diferencias en las distintas simulaciones de temperatura. En las simulaciones, se han identificado cuatro redes de puentes salinos de tres miembros (Asp8-Arg110-Asp12, Arg83-Asp75-Arg87, Lys66-Asp93-Arg69, y Asp54-Lys27-Glu73) como puentes salinos críticos para la termoestabilidad que se mantienen estables a temperaturas más elevadas, mejorando la estabilidad de los tres núcleos hidrofóbicos. El estudio puede ayudar a esclarecer nuestro conocimiento de las propiedades estructurales de las proteínas, las interacciones no covalentes que pueden estabilizar las estructuras peptídicas secundarias o promover el plegamiento, y también ayudar a comprender mejor sus acciones. Tal comprensión es necesaria para diseñar enzimas eficientes con características para aplicaciones particulares a las temperaturas de trabajo deseadas.

• Materias:Matemáticas Análisis Matemático Álgebra Ingeniería Matemática aplicada Lógica matemática
• Subjects:mathematics Mathematical Analysis Algebra Engineering Applied Mathematics Mathematical logic
• Palabras claves:estabilidad térmica, bacillus amyloliquefaciens ribonucleasa barnasa, redes de puentes salinos miembros, amplias perspectivas de aplicación, puentes salinos críticos, simulaciones a distintas temperaturas, enlaces intramoleculares de hidrógeno, simulación de dinámica molecular, interacción intramolecular no covalente, interacciones de puentes salinos
• Keywords:thermal stability, bacillus amyloliquefaciens ribonuclease barnase, member salt bridge networks, broad application prospects, critical salt bridges, different temperature simulations, intramolecular hydrogen bonds, molecular dynamics simulation, noncovalent intramolecular interaction, salt bridge interactions