Resumen

Los parámetros de no enlace del campo de fuerza AMBER se han refinado a partir de las energías de enlace ab initio de los complejos CO2-[C7H5N2]-. Se ha obtenido que los factores de escalado de energía y geometría son 1,2 y 0,9 para los parámetros ε y σ, respectivamente. A continuación, se han realizado simulaciones de dinámica molecular de moléculas de CO2 en el marco rígido ZIF-11, utilizando parámetros AMBER originales (SIM I) y parámetros refinados (SIM II), respectivamente. Las funciones de distribución radial del sitio y las simulaciones de distribución molecular indican que todos los átomos de hidrógeno son el sitio de unión favorito de las moléculas de CO2. Una ligera pero notable diferencia es que las moléculas de CO2 se localizan principalmente alrededor y más cerca del átomo de hidrógeno del anillo imidazolato en SIM II que las encontradas en SIM I. Los RDFs Zn-Zn y Zn-N en la simulación de marco flexible libre (SIM III) muestran la validez de adaptar los parámetros de enlace AMBER. Debido a las limitaciones de recursos informáticos y de tiempo en este estudio, los resultados de la simulación de marco flexible utilizando parámetros AMBER no enlazantes refinados (SIM IV) no difieren mucho de los obtenidos en SIM II.

• Materias:Reacciones químicas Biología molecular Química farmacéutica Química analítica Química de los alimentos
• Subjects:Chemical reactions Molecular biology Chemistry pharmaceutical Analytical chemistry Food chemistry
• Palabras claves:moléculas de co2, sim ii, sitio, simulación de marco flexible gratuita, simulaciones de diagramas de distribución molecular, parámetros de ámbar no enlazantes refinados, parámetros de enlace de ámbar, campo de fuerza de ámbar, simulaciones de dinámica molecular, simulación de marco flexible
• Keywords:co2 molecules, sim ii, site, free flexible framework simulation, molecular distribution plots simulations, refined nonbonding amber parameters, amber bonding parameters, amber force field, molecular dynamics simulations, flexible framework simulation