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Simulations of Higher-Order Protein Organizations Using a Fuzzy FrameworkSimulaciones de Organizaciones Proteicas de Orden Superior Utilizando un Marco Difuso

Resumen

La regulación espacio-temporal de la información bioquímica está frecuentemente vinculada a las organizaciones supramoleculares de proteínas y ácidos nucleicos, cuyas fuerzas impulsoras aún no han sido dilucidadas. Aunque se reconoce el papel crítico de la multivalencia en la transición de fase, los principios de organización de estructuras de orden superior necesitan ser comprendidos. Aquí presentamos un marco matemático difuso para manejar la heterogeneidad de los patrones de interacciones y la multiplicidad resultante de estados conformacionales en ensamblajes de proteínas. En este modelo, los motivos de unión redundantes pueden establecer interacciones simultáneas y parciales con múltiples objetivos. Demostramos que estos contactos multivalentes débiles facilitan la formación de polímeros, al tiempo que recapitulan la dependencia de valencia observada. Además, se estudió el impacto de la dinámica de los enlaces y la afinidad de unión de los motivos, así como la interacción entre ambos efectos. Nuestros resultados

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