Resumen

Streptococcus halichoeri es un patógeno emergente con diversas especies hospedadoras y potencial zoonótico. Se ha aislado en focas grises y otros mamíferos marinos, así como en infecciones humanas. A principios de 2010, se identificaron dos epidemias simultáneas en Finlandia, en animales de peletería y perros domésticos, respectivamente. Los animales de peletería padecían una nueva enfermedad, la pioderma necrótica epidémica de los animales de peletería (FENP), y los perros presentaban infecciones de oído con escasa respuesta al tratamiento. En ambos estudios se aisló S. halichoeri, aunque entre otros patógenos, lo que indica un posible papel en las etiologías de las enfermedades. El objetivo era encontrar un posible origen común de los aislados de animales de peletería y perros y estudiar los factores de virulencia para evaluar el potencial patógeno. Se obtuvieron aislados de foca, humanos, perros y animales de peletería para compararlos. Se secuenciaron los genomas completos de 20 cepas diferentes utilizando la plataforma Illumina MiSeq y se anotaron utilizando un pipeline de anotación automática RAST. El núcleo y los pangenomas se formaron comparando los genomas entre sí en una comparación de todos contra todos. Se construyó un árbol filogenético utilizando los genes del genoma central. Los factores de virulencia se evaluaron utilizando la Base de Datos de Factores de Virulencia (VFDB) concentrándose en los factores estreptocócicos previamente confirmados. Se formó un núcleo genómico que abarcaba aproximadamente la mitad de los genes de Streptococcus halichoeri. El núcleo resultante estaba casi saturado y no cambiaría significativamente añadiendo más genomas. Los genes restantes formaban el pangenoma, que era muy variable y seguiría evolucionando tras añadir más genomas. Los resultados ponen de relieve la gran adaptabilidad de esta bacteria, lo que posiblemente explique la facilidad con la que cambia de hospedador y de medio. También se analizaron los factores de virulencia, que se encontraron principalmente en el genoma central. Representaban muchas clases y funciones, pero la categoría más numerosa era la de las adhesinas, lo que apoya una vez más el origen marino de esta especie.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genómica Inestabilidad genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Genomics Genomic instability Genetic polymorphism
• Palabras claves:genoma central, animales de peletería, genes, Streptococcus halichoeri, factores de virulencia, tubería de anotación automática RAST, nueva enfermedad epidémica de animales de peletería, plataforma Illumina MiSeq, base de datos de factores de virulencia, mayor categoría única
• Keywords:core genome, fur animals, genes, Streptococcus halichoeri, Virulence factors, automatic annotation pipeline RAST, new disease fur animal epidemic, Illumina MiSeq platform, Virulence Factor Database, largest single category