Se presenta una filogenia molecular del género de gorgojos del Paleártico occidental Onyxacalles Stüben, 1999, combinando dos genes mitocondriales (COI y 16S) en un análisis bayesiano. Basándose en los datos moleculares, Onyxacalles pyrenaeus Boheman, 1844 se transfiere al género Kyklioacalles Stüben 1999 (grupo K. fausti) y, en un marco de taxonomía integradora, se ilustra la interacción entre la morfología y el análisis molecular. Las especies de Onyxacalles s. str. se asignan a tres nuevos grupos de especies, los grupos O. henoni, O. luigionii y O. portusveneris. La distribución de las especies relacionadas en el área mediterránea se ilustra con valores de COI y 16S p-distancias. Se describen tres nuevas especies y se distinguen de sus especies emparentadas: Onyxacalles nuraghi Stüben sp.n. de Italia (Cerdeña), Onyxacalles torre Stüben y Astrin sp. n. de Francia (Córcega) y Onyxacalles vilae Stüben sp. n. de Croacia (Velebit Mts.). Se ofrece un catálogo de las 20 especies de Onyxacalles, y finalmente se presenta una clave combinada con el apilamiento de imágenes del hábito y el edeago para todas las especies.
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