Resumen

Los peces de aguas profundas ofrecen una oportunidad única para estudiar la fisiología y la adaptación evolutiva a entornos extremos. Llevamos a cabo un análisis de secuenciación de alto rendimiento en una placa de titanio 454 GS-FLX utilizando bibliotecas de ADNc no normalizadas de seis tejidos de A. carbo. El ensamblaje y las anotaciones se realizaron mediante análisis Newbler e InterPro/Pfam, respectivamente. El ensamblaje de 544.491 lecturas de alta calidad proporcionó 8.319 contigs, el 55,6% de los cuales obtuvieron coincidencias con la base de datos no redundante del NCBI o fueron anotados con ESTscan. La comparación de genes funcionales tanto a nivel de secuencias proteicas como de estabilidad proteica, asociados a adaptaciones a la profundidad, reveló similitudes entre A. carbo y otros peces batipelágicos. Se normalizó una selección de genes putativos para evaluar la correlación entre el número de contigs y su expresión normalizada, determinada por amplificación qPCR. El cribado de las bibliotecas contribuyó a la identificación de nuevas repeticiones de secuencia simple (SSR) EST y al diseño de pares de cebadores adecuados para estudios de genética de poblaciones, así como para el marcado y mapeo de genes. Se espera que la caracterización del primer transcriptoma del pez de aguas profundas A. carbo proporcione abundantes recursos para estudios genéticos, evolutivos y ecológicos de esta especie y siente las bases para seguir investigando los procesos de adaptación de los peces relacionados con la profundidad.

• Materias:Genes Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Genes Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Genetic polymorphism
• Palabras claves:A. carbo, peces marinos A. carbo, placa de titanio FLX, otros peces batipelágicos, niveles de estabilidad de proteínas, bibliotecas de ADNc no normalizadas, contigs, análisis Pfam, recursos abundantes, procesos de adaptación
• Keywords:A. carbo, sea fish A. carbo, FLX titanium plate, other bathypelagic fishes, protein stability levels, unnormalized cDNA libraries, contigs, Pfam analyses, abundant resources, adaptation processes