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Los peces de aguas profundas ofrecen una oportunidad única para estudiar la fisiología y la adaptación evolutiva a entornos extremos. Llevamos a cabo un análisis de secuenciación de alto rendimiento en una placa de titanio 454 GS-FLX utilizando bibliotecas de ADNc no normalizadas de seis tejidos de A. carbo. El ensamblaje y las anotaciones se realizaron mediante análisis Newbler e InterPro/Pfam, respectivamente. El ensamblaje de 544.491 lecturas de alta calidad proporcionó 8.319 contigs, el 55,6% de los cuales obtuvieron coincidencias con la base de datos no redundante del NCBI o fueron anotados con ESTscan. La comparación de genes funcionales tanto a nivel de secuencias proteicas como de estabilidad proteica, asociados a adaptaciones a la profundidad, reveló similitudes entre A. carbo y otros peces batipelágicos. Se normalizó una selección de genes putativos para evaluar la correlación entre el número de contigs y su expresión normalizada, determinada por amplificación qPCR. El cribado de las bibliotecas contribuyó a la identificación de nuevas repeticiones de secuencia simple (SSR) EST y al diseño de pares de cebadores adecuados para estudios de genética de poblaciones, así como para el marcado y mapeo de genes. Se espera que la caracterización del primer transcriptoma del pez de aguas profundas A. carbo proporcione abundantes recursos para estudios genéticos, evolutivos y ecológicos de esta especie y siente las bases para seguir investigando los procesos de adaptación de los peces relacionados con la profundidad.
Esta es una versión de prueba de citación de documentos de la Biblioteca Virtual Pro. Puede contener errores. Lo invitamos a consultar los manuales de citación de las respectivas fuentes.
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