Resumen

El algoritmo de Viterbi es uno de los algoritmos de programación dinámica más utilizados para la comparación e identificación de proteínas, basado en Modelos Ocultos de Markov (HMMs). La mayoría de los trabajos en la literatura se centran en la implementación de aceleradores de hardware que actúan como una etapa de prefiltro en el proceso de comparación. Esta etapa descarta secuencias mal alineadas con una puntuación de similitud baja y envía secuencias con buenas puntuaciones de similitud al software, donde se vuelven a procesar para generar el alineamiento de secuencias. Con el fin de reducir el tiempo de reprocesamiento del software, este trabajo propone un acelerador de hardware para el algoritmo de Viterbi que incluye el concepto de divergencia, en el cual se delimita la región de interés de las matrices de programación dinámica. Obtuvimos ganancias de hasta 182 veces en comparación con el software no acelerado. La metodología de medición del rendimiento adoptada en este trabajo tiene

• Materias:Control de potencia Núcleo de memoria Sensor de visión Acelerador de hardware Programación de arquitecturas
• Subjects:Power control Memory core Vision sensor Hardware accelerator Architecture programming
• Palabras claves:Algoritmo de Viterbi; Programación dinámica; Comparación de proteínas; Modelos ocultos de Markov; Aceleradores de hardware; Alineación de secuencias
• Keywords:Viterbi algorithm; Dynamic programming; Protein comparison; Hidden markov models; Hardware accelerators; Sequence alignment