Los orígenes de la vida diversificada siguen siendo un misterio a pesar de los considerables esfuerzos dedicados a desentrañar las raíces del árbol universal de la vida. Aquí reconstruimos filogenias que describen la evolución de las funciones moleculares y la evolución de las especies directamente a partir de un censo genómico de definiciones de ontología de genes (GO). Se tomaron muestras de 249 genomas de vida libre que abarcaban organismos de los tres superreinos de la vida, Archaea, Bacteria y Eukarya, y se utilizó la abundancia de términos GO como caracteres moleculares para producir árboles filogenéticos enraizados. Los resultados revelaron un origen termófilo temprano de Archaea que fue seguido por eventos de reducción del genoma en los superreinos microbianos. Los genomas eucarianos mostraron una extraordinaria diversidad funcional y se enriquecieron con cientos de actividades moleculares novedosas no detectadas en las células microbianas akariotas. Sorprendentemente, la mayoría de estas nuevas funciones aparecieron bastante tarde en la evolución, sincronizadas con la diversificación del superreino eucario. La distribución de los términos GO en los superdominios confirma que Archaea parece ser la forma de vida celular más simple y antigua, mientras que Eukarya es la más diversa y reciente.
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