Resumen

Las proteínas de membrana externa (OMP) son proteínas transmembrana (TMP) localizadas en las membranas externas. Estas proteínas desempeñan diversas funciones bioquímicas y tienen una relevancia médica inmediata, por lo que es importante estudiar sus estructuras espaciales. Pero las especiales propiedades fisicoquímicas de las OMP dificultan la obtención experimental de sus estructuras. Para predecir las estructuras de las OMP, es indispensable discriminar las OMP y alinear sus secuencias con las estructuras nativas. Hemos desarrollado un método novedoso, OMSA (Outer Membrane Segment Alignment), que implementa ambos pasos en un solo programa. OMSA integra características topológicas específicas de OMP para implementar una alineación secuencia-estructura, por ejemplo, el tipo de segmento y la orientación del segmento, mientras que para mejorar la alineación se emplea un modelo de penalización de huecos dependiente del segmento. En comparación con los principales métodos similares, OMSA logró una mayor precisión tanto en la discriminación como en la alineación de OMP, lo que puede mejorar aún más el estudio de la estructura de OMP.

• Materias:Matemáticas Análisis Matemático Álgebra Ingeniería Matemática aplicada Lógica matemática
• Subjects:mathematics Mathematical Analysis Algebra Engineering Applied Mathematics Mathematical logic
• Palabras claves:alineación de segmentos de membrana externa, modelo de penalización por brecha dependiente, proteínas de membrana externa, diversas funciones bioquímicas, relevancia médica inmediata, método novedoso omsa, propiedades fisicoquímicas especiales, omp, omps, omsa
• Keywords:outer membrane segment alignment, dependent gap penalty model, outer membrane proteins, diverse biochemical functions, immediate medical relevance, novel method omsa, special physicochemical properties, omp, omps, omsa