La homeostasis de las proteínas, la proteostasis, es esencial para comprender la función celular. La degradación de proteínas es un componente crucial de los mecanismos proteostáticos de la célula. Los experimentos sobre la degradación de proteínas están presentes hoy en día en muchas investigaciones en el campo de la biología molecular y celular. En el presente artículo, nos centramos en los diferentes enfoques experimentales para estudiar la degradación de proteínas y presentamos una valoración crítica de los resultados derivados de los experimentos de estado estacionario y cinéticos utilizando metodologías de detección de proteínas marcadas y no marcadas con una perspectiva proteostática. Esta perspectiva permite señalar las limitaciones en la interpretación de los resultados y la necesidad de más experimentos y/o controles para establecer "pruebas definitivas" del papel de la degradación de proteínas en la proteostasis de una proteína determinada o de todo el proteoma. También proporcionamos una hoja de cálculo para realizar cálculos sencillos de los decaimientos del ARNm y de las proteínas para imitar diferentes condiciones experimentales, así como una lista de control para el análisis de los experimentos relacionados con los estudios de degradación de proteínas que puede ser útil para los investigadores interesados en el área del recambio de proteínas.
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