Resumen

Gracias a la avanzada tecnología de secuenciación del ADN, se han publicado secuencias del genoma completo de varios primates. La combinación de la minería computacional de datos y el ensayo de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para validar los datos es un método excelente para llevar a cabo la genómica comparativa. Así pues, el diseño de cebadores para la PCR es un procedimiento esencial para el análisis comparativo de los genomas de primates. Aquí desarrollamos y presentamos UniPrimer para su uso en estos estudios. UniPrimer es una herramienta web que diseña cebadores para PCR y secuenciación de ADN. Compara las secuencias de seis primates diferentes (humano, chimpancé, gorila, orangután, gibón y macaco rhesus) y diseña cebadores en la región conservada entre especies. UniPrimer está vinculado a los programas RepeatMasker, Primer3Plus y OligoCalc para producir cebadores de gran precisión y a la PCR in silico de la UCSC para confirmar si los cebadores diseñados funcionan. Para comprobar el rendimiento de UniPrimer, diseñamos cebadores sobre secuencias de muestra utilizando UniPrimer y cebadores diseñados manualmente para las mismas secuencias. La comparación de los dos procesos mostró que UniPrimer era más eficaz que el trabajo manual en términos de ahorro de tiempo y reducción de errores.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genes mitocondriales Genómica Proteómica Epigenómica
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Mitochondrial genes Genomics Proteomics Epigenomics
• Palabras claves:cebadores, UniPrimer, secuencias genómicas completas, minería computacional de datos, reacción en cadena de la polimerasa, PCR, programas OligoCalc, Silico PCR, UCSC In, ADN avanzado
• Keywords:primers, UniPrimer, Whole genome sequences, computational data mining, polymerase chain reaction, PCR, OligoCalc softwares, Silico PCR, UCSC In, advanced DNA