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La histopatología bidimensional (2D) es el método analítico estándar para los tejidos biopsiados del intestino; sin embargo, el papel del sistema de imagen tridimensional (3D) en el análisis de los tejidos intestinales no está claro. Se observó la estructura 3D de los organoides de cripta de la cultura de células madre intestinales y de los tejidos intestinales de los donantes y receptores después de un trasplante intestinal utilizando un sistema de imagen 3D y se comparó con la histopatología 2D y la inmunohistoquímica. Los organoides de cripta y los tejidos intestinales mostraron estructuras 3D bien definidas. Las imágenes 3D de los tejidos intestinales con rechazo agudo revelaron ausencia de vellosidades y pocas criptas, lo cual fue consistente con las características histopatológicas. En el trasplante intestinal por síndrome de megacistis microcolon hipoperistáltico, los tejidos intestinales de los donantes tenían redes nerviosas bien desarrolladas
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