Resumen

La superficie de piel molecular (MSS), propuesta por Edelsbrunner, es un enfoque de modelado de superficie lisa continua C2 de macromoléculas biológicas. En comparación con los métodos tradicionales de representación de superficies moleculares (por ejemplo, la superficie exclusiva del disolvente), la MSS tiene ventajas distintivas, como no tener autointersección y ser descomponible y transformable. Para seguir promoviendo las MSS en el campo de la bioinformática, se requiere la transformación entre diferentes representaciones de MSS que imiten la dinámica macromolecular. El proceso de transformación ayuda a los biólogos a comprender visualmente los procesos de dinámica macromolecular a nivel atómico, lo que es importante para estudiar las estructuras de las proteínas y los sitios de unión para optimizar el diseño de fármacos. Sin embargo, el modelado de la transformación entre diferentes MSSs sufre de un alto coste computacional mientras que los enfoques tradicionales reconstruyen cada MSS intermedio a partir de la respectiva unión intermedia de bolas. En este estudio, proponemos un nuevo marco computacional denominado marco general de transformación MSS (GMSSTF) entre dos MSSs sin la ayuda de la unión de bolas. Para evaluar la eficacia de GMSSTF, lo aplicamos a una popular base de datos pública PDB (Protein Data Bank) y comparamos los algoritmos MSS existentes con y sin GMSSTF. Los resultados de la simulación muestran que el GMSSTF propuesto mejora eficazmente la eficiencia computacional y es potencialmente útil para simulaciones dinámicas macromoleculares.

• Materias:Algoritmos de aprendizaje Transductores de ultrasonido Ingeniería de atención Estudio biomecánico Ortesis progresivas estáticas
• Subjects:Learning algorithms Ultrasound transducers Care engineering Biomechanical study Static progressive orthoses
• Palabras claves:GMSSTF, MSS, dinámica macromolecular, enfoque de modelado de superficie lisa continua, marco general de transformación MSS, popular base de datos pública PDB, superficie cutánea molecular, Banco de Datos de Proteínas, diferentes representaciones MSS, alto coste computacional.
• Keywords:GMSSTF, MSS, macromolecular dynamics, continuous smooth surface modeling approach, general MSS transformation framework, popular public database PDB, Molecular skin surface, Protein Data Bank, different MSS representations, high computational cost