Debido a esto, recibió varias transfusiones de sangre y fue sometida a una esplenectomía. En sus últimos años se enfocó en el estudio de las glucogenosis o enfermedades por almacenamiento de glucógeno, en lo cual se basó el último artículo que publicó. Comprometida con la ciencia y luego de diez años de batallar contra la enfermedad que padecía, murió en su casa el 26 de octubre de 1957 a sus 61 años.
El científico español Severo Ochoa, a su vez Premio Nobel en Fisiología o Medicina, pronunció unas bellas palabras en el servicio funerario de Gerty:
«La vida de Gerty Cori fue un noble ejemplo de dedicación a un ideal, el avance de la ciencia y para el beneficio de la humanidad. La encantadora personalidad de Gerty Cori, tan rica en cualidades humanas, se ganó la amistad y la admiración de todos los que tuvieron el privilegio de conocerla [...]. Su nombre está grabado para siempre en los anales de la ciencia y su recuerdo será apreciado por sus muchos amigos mientras estemos vivos».
La pareja fue destacada en 2004 con la Señal Química Histórica Nacional de la Sociedad Química Americana. En 2008, Gerty Cori fue reconocida con la creación de una estampilla del Servicio Postal de los Estados Unidos. Comparte una estrella con su esposo en el St. Louis Walk of Fame y en su honor fue nombrado un cráter lunar con su nombre: el cráter Cori.