Relevant cycles in biopolymers and random graphs
Ciclos relevantes en gráficas de biopolímeros y gráficas aleatorias
Los ciclos cortos son una característica importante de gráficos moleculares en química orgánica, así como en estructura biológica. Las bases de los ciclos mínimos son de particular interés, a pesar del hecho que usualmente no son únicos; de aquí que uno recurra a veces al conjunto de los ciclos relevantes, definidos como la unión de todas las bases de ciclos mínimos. En este documento se introduce el conjunto de ciclos esenciales como la intersección las bases de los ciclos mínimos de una gráfica y proporciona un algoritmo para su computación. Además, se amplían vínculos previos a la longitud de las bases de ciclos mínimos a ciertas gráficas introducibles en libros.
Este documento es un artículo elaborado por Petra M. Gleiss ( Institute for Theoretical Chemistry and Molecular Structural Biology , University of Vienna , Viena, Austria) y Peter F. Stadler (The Santa Fe Institute, Santa Fe, NM, Estados Unidos) para la Cuarta Conferencia Eslovena en Teoría de Graficos (Junio-Julio de 1999, Lake Bled, Eslovenia), llevada a cabo en junio-julio de 1999 en Lake Bled (Eslovenia, 1999).
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Protein folding theory : from lattice to all-atom models
Teoría del doblamiento de proteínas : desde el entramado hasta los modelos de todos los átomos
Este escrito se enfoca en los avances recientes en el entendimiento de la cinética del doblamiento de proteínas en el contexto de la teoría de nucleación. Se presentan conceptos básicos sobre nucleación, doblamiento de núcleo y teoría de estado de transición, discutiendo luego avances recientes y retos en el entendimiento teórico de muchos aspectos clave de la cinética de doblamiento de proteínas. Se cubre las aproximaciones recientes basadas en topología, así como los estudios evolutivos y las aproximaciones de dinámica de moléculas para determinar el núcleo de doblamiento de proteína y otros aspectos de la cinética de doblamiento. Finalmente, se discute brevemente sobre las simulaciones exitosas de Montecarlo de doblamiento de proteínas y concluye con una breve perspectiva para el futuro.
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