Hacia la medianoche del 2 de marzo de 2016. Berta se encontraba en su casa en la Esperanza acompañada por el ambientalista mexicano Gustavo Castro Soto de la organización Amigos de la Tierra. Dos asesinos violentaron la puerta y les dispararon a ambos. Este último pudo salvar su vida al hacerse el muerto.
Miles de personas asistieron al entierro de la activista el siguiente 5 de marzo, el cual tuvo lugar en su pueblo natal. Sus hijas encabezaron una marcha a lo largo de la población reclamando justicia y denunciando la enorme impunidad respecto al asesinato de activistas ambientales en Honduras. El crimen también tuvo gran resonancia internacional, incluyendo el pronunciamiento de diversos organismos internacionales (OEA, ONU, CEPAL, Parlamento europeo, Greenpeace y 74 organizaciones latinoamericanas, entre otros), jefes de Estado y personalidades destacadas (Mark Ruffalo, Leonardo DiCaprio y Naomi Klein). A nivel nacional, hubo protestas y manifestaciones en los meses posteriores por parte de estudiantes, ambientalistas, feministas y, por supuesto, COPINH.
Las investigaciones sobre el asesinato revelaron la participación de empleados de DESA, funcionarios públicos, militares retirados y matones a sueldos, entre ellos Henry Javier Hernández Rodríguez (exmilitar, autor material e intelectual), Roberto Cardona (exviceministro de Recursos Naturales y Ambiente), Roberto David Castillo Mejía (presidente ejecutivo de DESA) y otros seis sujetos. Es un proceso que aún sigue abierto y del cual los activistas exigen más resultados.
Los conflictos aún continúan. La ONG Global Witness afirmó en 2017 que Honduras es el país más peligroso del planeta para los activistas ambientales. Se calcula que cerca de 90 % de los asesinatos ocurridos en ese país no se resuelven. Berta Zúñiga, la hija de la activista que ha continuado con las labores de su madre en el liderazgo de COPINH, sufrió un atentado el 31 de mayo de 2017 por parte de cuatro hombres armados con machetes. A pesar de ello, la lucha por la preservación de los derechos de las comunidades y el medio ambiente aún continúa.