Ingeniería biomolecular, celular y de tejidos
Microbiología, bioingeniería y biotecnología
A mechanistic model of the BLADE platform predicts performance characteristics of 256 different synthetic DNA recombination circuits
Modelo mecánico de la plataforma BLADE para predicción de características de rendimiento de 256 circuitos recombinantes de DNA.
La plataforma BLADE (lógica y aritmética booleana a través de la escisión de ADN) fue desarrollada para implementar el control lógico e inducible sobre la expresión génica de células de mamíferos. Esta plataforma tiene el potencial para revolucionar la ingeniería celular para aplicaciones terapéuticas. El presente trabajo propone el primer modelo mecanístico de la plataforma BLADE de 2 entradas basado en la escisión de ADN mediada por Cre y Flp. El modelo completo se simplificó para producir conjuntos computacionalmente factibles de simulaciones estocásticas, utilizando el algoritmo de Gillespie. El modelo estocástico se optimizó contra datos métricos angulares adaptados relacionados con dos de los circuitos BLADE probados experimentalmente. De manera general se obtuvo que el modelo calibrado pudo predecir con precisión el rendimiento métrico angular adaptado de los 111 circuitos probados experimentalmente.
Este artículo fue realizado por Jack E. Bowyer (University of Warwick, Coventry, United Kingdom), Chloe Ding (Boston University, Boston, Massachusetts, United States of America), Benjamin H. Weinberg (Harvard Medical School, Boston, Massachusetts, United States of America), Wilson W. Wong (Boston University, Boston, Massachusetts, United States of America) Declan G. Bates (University of Warwick, Coventry, United Kingdom) para PLoS Comput Biol (Vol. 16, num. 12, 2020), una revista especializada en estudios sobre sistemas vivos en todas las escalas, desde moléculas y células hasta poblaciones de pacientes y ecosistemas, mediante la aplicación de métodos computacionales. Esta es una publicación de PLoS (San Francisco, California, US). Correo de contacto: [email protected]
Repulsive expansion dynamics in colony growth and gene expression
Dinámicas de expansión repulsiva en el crecimiento de colonias y expresión génica
La expansión espacial de una población de células surge durante el crecimiento de microorganismos, células vegetales y mamíferos; es la base del desarrollo tisular normal o disfuncional y puede ser útil como la base para la programación de patrones espaciales. Dicha expansión es conducida por el crecimiento y división continua de las células dentro de una colonia, lo que hace que las células de la periferia sean desplazadas hacia el exterior donde se genera un campo de velocidad de repulsión en cada ubicación dentro de la colonia. Este trabajo sugiere la posibilidad de aproximar el proceso de expansión celular como una cinética de expansión repulsiva de grano grueso, de manera que sea posible realizar una simulación precisa y eficiente de la dinámica de crecimiento y expresión génica en colonias radialmente simétricas con una distribución homogénea en la dirección z.
Este artículo fue realizado por Yangxiaolu Cao, John Neu (Duke University, Durham, North Carolina, United States), Andrew E. Blanchard (Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, Tennessee), Ting Lu (University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, Illinois), Lingchong You (Duke University, Durham, North Carolina, United States) para PLoS Comput Biol (Vol. 17, núm. 3, 2021), una revista especializada en estudios sobre sistemas vivos en todas las escalas, desde moléculas y células hasta poblaciones de pacientes y ecosistemas, mediante la aplicación de métodos computacionales. Esta es una publicación de PLoS (San Francisco, California, US). Correo de contacto: [email protected]
- Video:BioExcel Webinar #48: Flujos de trabajo de simulación biomolecular computacional con bloques de construcción BioExcel
- Fuente:BioExcel CoE
